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Das RRZ besitzt eine bis Ende 2012 gültige Lizenz für ADF und BAND (16 floating CPUs), für die ADF-GUI und die BAND-GUI (1 CPU auf hpclogin).
Die aktuell installierte Version ist ADF 2012.01. Handbücher und Tutorials zu ADF und BAND sind unter /G/home/software/adf2012.01/Doc oder auf der Website von SCM zu finden.
Bitte nehmen Sie in Ihre .profile folgende 2 Zeilen auf:
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source /G/home/software/adf2012.01/adfrc.sh
SCM_USETMPDIR=yes
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ADF-GUI adfview ist unter /G/home/software/adf2012.01/bin/ installiert.
Für Parallelrechnungen von ADF wird Plattform-MPI benutzt. Ob parallel oder seriell gerechnet wird, hängt davon, ob die Variable $NSCM gesetzt ist. Sie sollte aber nicht in .profile oder .bashrc gesetzt werden, sondern direkt in der Batch-Datei.
Zusätzlich müsste man die Variable SCM_MACHINEFILE exportieren, z.B.:
export SCM_MACHINEFILE=/G/home/$USER/adf.machines
Hier ist ein Beispiel einer Batch-Datei:
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#PBS -l nodes=1:ppn=8:mem16
#PBS -j oe
#PBS -V
source /G/home/software/adf2012.01/adfrc.sh
cd ~/ADF
export SCMLICENSE=/G/home/software/adf2012.01/license.txt
export SCM_MACHINEFILE=/G/home/$USER/adf.machines
cp $PBS_NODEFILE $SCM_MACHINEFILE
export NSCM=8
~/ethanol.run
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Kommentar:
Durch diese Anweisung wird in die Datei $SCM_MACHINEFILE der Inhalt der erst zur Ausführungszeit vom Batch-System generierten Variable $PBS_NODEFILE kopiert, der dann in einem ADF-Script für den von Plattform-MPI erwarteten appfile vorbereitet wird.
Anmerkung zum X-Forwarding:
Falls Sie adfview von einem Windows-PC aus starten, könnten Sie u.U. die Fehlermeldung "GLX missing" bekommen.
Bei den meisten X-Servern müsste man GLX erst aktivieren, z.B. bei X-Win32 unter X-Config -> Sonstiges -> die Option "GLX zwischenspeichern" auswählen.
Die beste OpenSource-Kombination für das X-Forwarding scheint xming (Pakete Xming-mesa und Xming-fonts)+PuTTY zu sein.
Autor: Elisabeth Kahnert, Stand: 28.02.2012 12:54 Uhr |
