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Auf dem neuen Linux-Cluster sind Atomistix ToolKit 2008.10 für 4 CPUs und Virtual NanoLab GUI 2008.10 für 1 CPU installiert.
Der Installationspfad ist /G/home/software/ATK/atk-2008.10.0
Man muss folgende Variablen in .profile aufnehmen:
ATK_DIR=/G/home/software/ATK/atk-2008.10.0
ATK_BIN_DIR=/G/home/software/ATK/atk-2008.10.0/bin
PATH=/G/home/software/ATK/atk-2008.10.0/bin:$PATH
ATOMIST_LICENSE_FILE=27001@master
MPI_REMSH=ssh
P4_RSHCOMMAND=/usr/bin/ssh
LD_LIBRARY_PATH=/G/home/software/ATK/atk-2008.10.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export ATK_DIR ATK_BIN_DIR PATH ATOMIST_LICENSE_FILE MPI_REMSH P4_RSHCOMMAND LD_LIBRARY_PATH
Bitte benutzen Sie wegen Lizenz-Einschränkungen IMMER die Queue atk, sonst werden sie Job wegen evtl. bereits verbrauchter Lizenzen abgebrochen!
Hier ein Beispiel-Jobfile:
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#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -V
#PBS -q atk
cd ~/ATK
cat $PBS_NODEFILE > atk-nodefile
/opt/ofed/mpi/gcc/mvapich2-1.2p1/bin/mpdboot -f atk-nodefile -n 1 --ncpus=4 --rsh=ssh --mpd=/opt/ofed/mpi/gcc/mvapich2-1.2p1/bin/mpd
/opt/ofed/mpi/gcc/mvapich2-1.2p1/bin/mpiexec -n 4 atk /G/home/software/ATK/atk-2008.10.0/examples/h2.py
mpdallexit
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Das Atomistix-Handbuch im HTML-Format liegt unter $ATK_DIR/doc
Virtual NanoLab 2008.10 ist auf hpclogin unter /G/home/software/ATK/vnl-2008.10.0/bin/vnl installiert.
Ein Handbuch ist unter /G/home/software/ATK/vnl-2008.10.0/doc/manual, das Tutorial unter /G/home/software/ATK/vnl-2008.10.0/doc/tutorial und Beispiele sind unter /G/home/software/ATK/vnl-2008.10.0/examples zu finden.
Autor: Elisabeth Kahnert, Stand: 07.12.2010 15:40 Uhr |
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