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Auf dem Linux-Cluster ist Gaussian09 Rev.A.02 im Pfad:
/G/home/software/g09 installiert.
Bitte nehmen Sie folgende Zeilen in die Datei .profile auf:
g09root=/G/home/software
GAUSS_SCRDIR=/G/scratch/$USER
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
Gute Skalierbarkeit erreicht man bei Gaussian bei bis zu 8 Prozessoren.
Für einen Gaussian-Job setzt am Besten die Queue c8 oder d8 ein.
Im Inputfile müsste entsprechend der Anzahl von Prozessoren die Anweisung:
%NProcShared (dasselbe wie %nproc) für die Anzahl der Cores auf einem Knoten angepasst werden.
Für einem c8/d8 Job wie folgt setzen: %NProcShared=8
Hier eine Beispiel-Jobdatei für einen 16GB-Knoten:
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -q c8
#PBS -V
cd ~/XYXYXYX
cp $PBS_NODEFILE hostfile.pbs
GAUSS_LFLAGS=$(cat hostfile.pbs)
export GAUSS_LFLAGS="-nodelist \"GAUSS_LFLAGS\""
g09 < XYXYXY.gjf > XYXYXY.log
Alternativ können sie die Ressourcen-Spezifikation
im Batchfile weglassen
und diese dann direkt beim Submittieren des Jobs angeben:
cat BATCHFILE | qsub -q c8 -l nodes=1:ppn=8
(Mehr Informationen hier) Autor: Elisabeth Kahnert, Alexander Fitterling, Stand: 07.12.2010 10:03 Uhr |
