GROMACS
Einleitung
Ab sofort ist GROMACS in der Version 4.0.7 mit und ohne MPI-Unterstützung
(MPI-Binaries tragen das Suffix _mpi) verfügbar. Die serielle Variante dient nur
für kleinere Jobs zu Testzwecken. Um einen deutlichen Performanzzuwachs auf
unserer Architektur zu erzielen, haben wir die installierte Version für Intel
optimiert (Intel-Compiler + Intel MKL). Die verwendete MPI-Implementation ist: MVAPICH2 - Version 1.2p1.
Beispiel-Batchfile
#!/bin/bash
#PBS -V
#PBS -l nodes=2:ppn=8
## walltime nicht vergessen
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)
mnp=$(sort -u $PBS_NODEFILE | wc -l)
source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/10.1.1.019/tools/environment/mklvars64.sh
export MKL=/opt/intel/mkl/10.1.1.019/
export MVAPICH2_HOME=/opt/ofed/mpi/intel/mvapich2-1.2p1/
export MPD_BIN=$MVAPICH2_HOME/bin
export PATH=$MVAPICH2_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPICH2_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
source /G/home/software/gromacs-4.0.7/intel+mvapich2-1.2p1/bin/GMXRC.bash
mpdboot -n $mnp -f $PBS_NODEFILE
MPIRUN=/opt/ofed/mpi/gcc/mvapich2-1.2p1/bin/mpirun_rsh
WORKDIR=$HOME/GROMACS/RF_10ns/A_1ir3/
cd $WORKDIR
## prepare data
grompp -f md.mdp -p protein.top -c protein-NPT.gro -o water.tpr
## run that piece
mpiexec -np $np mdrun_mpi -s water.tpr -o water.ttr - -g water.log.gro -v
mpdallexit
Submittieren sie das Batchfile mit: qsub -qc16 [BATCHFILE]
Benchmark-Resultate
.... liegen bereits vor, gibt es auf Anfrage. Die Informationen werden auf
dieser Seite in Kürze ergänzt werden.
Dokumentation und Beispiele
Die Dokumentation zu GROMACS enthält Links zu
den Handbüchern
der verschiedenen
Programmversionen. Außerdem gibt es eine Seite mit Hinweisen zu Tutorials rund um
GROMACS. Im
Unterverzeichnis
/G/home/software/gromacs-4.0.7/intel+mvapich2-1.2p1/share/gromacs/tutor sind eine Reihe von Beispielen enthalten, die Tests zu
GROMACS befinden sich in gmxtest. Sowohl Beispiele als auch Tests sind
unverändert in dem
Zustand, wie sie vom GROMACS Projekt zum Download zur Verfügung gestellt
werden.
Quellen:
Autor: Alexander Fitterling, Stand: 10.08.2010 16:25 Uhr |
