Es ist R, Version 2.11.1, mit folgenden Paketen installiert:

base                    The R Base Package
boot                    Bootstrap R (S-Plus) Functions (Canty)
class                   Functions for Classification
cluster                 Cluster Analysis Extended Rousseeuw et al.
codetools               Code Analysis Tools for R
cubature                Adaptive multivariate integration over
                        hypercubes
datasets                The R Datasets Package
flexmix                 Flexible Mixture Modeling
foreign                 Read Data Stored by Minitab, S, SAS, SPSS,
                        Stata, Systat, dBase, ...
graphics                The R Graphics Package
grDevices               The R Graphics Devices and Support for Colours
                        and Fonts
grid                    The Grid Graphics Package
KernSmooth              Functions for kernel smoothing for Wand & Jones
                        (1995)
lattice                 Lattice Graphics
MASS                    Main Package of Venables and Ripley's MASS
Matrix                  Sparse and Dense Matrix Classes and Methods
methods                 Formal Methods and Classes
mgcv                    GAMs with GCV/AIC/REML smoothness estimation
                        and GAMMs by PQL
modeltools              Tools and Classes for Statistical Models
multcomp                Simultaneous Inference in General Parametric
                        Models
mvtnorm                 Multivariate Normal and t Distributions
nlme                    Linear and Nonlinear Mixed Effects Models
nnet                    Feed-forward Neural Networks and Multinomial
                        Log-Linear Models
np                      Nonparametric kernel smoothing methods for
                        mixed data types
npRmpi                  Parallel nonparametric kernel smoothing methods
                        for mixed data types
Rmpi                    Interface (Wrapper) to MPI (Message-Passing
                        Interface)
rpart                   Recursive Partitioning
snow                    Simple Network of Workstations
spatial                 Functions for Kriging and Point Pattern
                        Analysis
splines                 Regression Spline Functions and Classes
stats                   The R Stats Package
stats4                  Statistical Functions using S4 Classes
survival                Survival analysis, including penalised
                        likelihood.
tcltk                   Tcl/Tk Interface
tools                   Tools for Package Development
utils                   The R Utils Package

Geben sie im Batchfile an: source /G/home/env/R/2.11.1

#!/bin/bash
#PBS -V

IN=$HOME/R/Prg.r
OUT=$HOME/R/rout.log
source /G/home/env/R/2.11.1
R --vanilla < $IN > $OUT

wrapper<-function(instanz){ 
# Die Funktion summiert hier als Bsp nur die Zahlen auf.
# Das wird wahrscheinlich so schnell gehen, dass man das auf dem Cluster nicht sieht.

        tmp <- 0
        for (r in 1:i){
                tmp <- tmp + r
        }

        Return(tmp)

}

nodefile<-Sys.getenv("PBS_NODEFILE")
nodes<-read.table(nodefile)

library(snowfall)

sfInit(parallel=TRUE, type="SOCK", socketHosts=t(nodes))
sfExport("VARIABLENNAME1"," VARIABLENNAME2","FUNCTIONSNAME1","
FUNCTIONSNAME2")  #Alle Variablen und Funktionen auf die die Nodes
zugreifen können müssen.

      Result <- sfClusterApplyLB(1:20,wrapper)

sfStop()

Result  # Ausgabe der Ergebnisse

Die MPI - Variante läuft fast genauso, nur dass man R mit mpirun bzw. orterun starten muss und der Funktion sfInit type="MPI" statt "SOCK" übergeben muss. Leider gibt es, im Fehlerfall, so gut wie keine Ausgaben für die MPI-Version, so dass das nicht so benutzerfreundlich ist.

Bitte beachten sie, dass eine Ressourcen-Angabe entweder innerhalb des Batch-Files oder per Parameter an den Befehl "qsub" erfolgt, da ansonsten ein leeres Nodefile erzeugt und auf nur einem Prozessor gerechnet werden würde. Informationen hierzu finden sie unter dem Menü-Punkt: Bedienung.