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Das RRZ besitzt eine bis Ende 2012 gültige Lizenz für Schrödinger Suite. Auf dem Linux-Cluster sind folgende Schrödinger Moduln installiert: - Jaguar (v79023)- floating Lizenzen für 8 CPUs
- QSite - floating Lizenzen für 4 CPUs
- MacroModel (v99223) - eine floating Lizenz für 1 CPU
- Desmond (v30110) - frei für nichtkommerzielle Nutzung
Dazu gehört auch das Visualisierungsprogramm für die Schrödinger-Software Maestro (v93023).
Der Installationspfad für die Schrödinger-Software ist /G/home/software/schrodinger2012
Die Dokumentation zu allen Schrödinger-Programmen liegt unter /G/home/software/schrodinger2012/docs
Um Schrödinger-Software zu benutzen, muss man folgende Variablen in .profile aufnehmen:
export SCHRODINGER=/G/home/software/schrodinger2012
export LM_LICENSE_FILE=$SCHRODINGER/license:$LM_LICENSE_FILE
export SCHRODINGER_RSH=/usr/bin/ssh
Ab Schrodinger Suite 2009 wird OpenMPI unterstützt, die Bibliotheken dazu werden auch mitgeliefert. Ein Export von MPICH-Pfaden entfällt damit.
Sie können Jobs über Maestro oder als ein Script abschicken.
Für Maestro können Sie optional eine Variable für einen speziellen Temp-Ordner setzen:
export MAESTRO_TEMP_LOCATION=/G/scratch/$USER/
Ansonsten wird ein Ordner unter .schrodinger in Ihrem Home erzeugt.
Maestro können Sie mit dem Aufruf starten: $SCHRODINGER/maestro &
Unten ist ein Beispiel für einen Jaguar-Job.
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#!/bin/bash
export SCHRODINGER=/G/home/software/schrodinger2012
$SCHRODINGER/jaguar run -SAVE -HOST jaguar ~/schrodinger/benzene_test.in
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Diesen Job führt man dann auf der Konsole aus:
./IHRJAGUARJOB
Jaguar schickt den Job dann in die im Jobfile durch -HOST definierte Queue.
Wegen Lizenzeinschränkungen sollte man Jaguar-Jobs immer in die Queue jaguar, QSIte-Jobs in die Queue qsite und MacroModel-Jobs ind die Queue macromod abschicken, in der nur 1 Job zur gleichen Zeit laufen darf. Sonst kann passieren, dass Jobs wegen Lizenzmangel abgebrochen werden.
Desmond hat keine Lizenzeinschränkungen.
Einen QSite-Job kann man wie im Beispiel abschicken:
$SCHRODINGER/jaguar qsite $HOME/inputfile
Als Scratch-Verzeichnis wird /work definiert (Nach Aussage von Schrödinger sollte man für Scratch-Verzeichnisse keine NFS-Shares benutzen, weil dies die Performanz mindere). Falls Sie ein anderes Scratch-Verzeichnis benutzen wollen, können Sie die Datei schrodinger.hosts aus dem $SCHRODINGER-Verzeichnis in Ihr $HOME kopieren und den Eintrag /tmpdir entsprechend editieren.
Autor: Elisabeth Kahnert, Stand: 13.04.2012 15:12 Uhr |
