Schrödinger 2012
Das RRZ besitzt eine bis Ende 2014 gültige Lizenz für Schrödinger Suite. Auf dem Linux-Cluster sind folgende Schrödinger Moduln installiert:
- Jaguar (v79023)- floating Lizenzen für 8 CPUs
- QSite - floating Lizenzen für 4 CPUs
- MacroModel (v99223) - eine floating Lizenz für 1 CPU
- Desmond (v30110) - frei für nichtkommerzielle Nutzung
Dazu gehört auch das Visualisierungsprogramm für die Schrödinger-Software Maestro (v93023).
Der Installationspfad für die Schrödinger-Software ist /G/home/software/schrodinger2012
Die Dokumentation zu allen Schrödinger-Programmen liegt unter /G/home/software/schrodinger2012/docs
Um Schrödinger-Software zu benutzen, muss man folgende Variablen in .profile aufnehmen:
export SCHRODINGER=/G/home/software/schrodinger2012
export LM_LICENSE_FILE=$SCHRODINGER/license:$LM_LICENSE_FILE
export SCHRODINGER_RSH=/usr/bin/ssh
Ab Schrodinger Suite 2009 wird OpenMPI unterstützt, die Bibliotheken dazu werden auch mitgeliefert. Ein Export von MPICH-Pfaden entfällt damit.
Sie können Jobs über Maestro oder als ein Script abschicken.
Für Maestro können Sie optional eine Variable für einen speziellen Temp-Ordner setzen:
export MAESTRO_TEMP_LOCATION=/G/scratch/$USER/
Ansonsten wird ein Ordner unter .schrodinger in Ihrem Home erzeugt.
Maestro können Sie mit dem Aufruf starten: $SCHRODINGER/maestro &
Unten ist ein Beispiel für einen Jaguar-Job.
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#!/bin/bash
export SCHRODINGER=/G/home/software/schrodinger2012
$SCHRODINGER/jaguar run -SAVE -HOST jaguar ~/schrodinger/benzene_test.in
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Diesen Job führt man dann auf der Konsole aus:
./IHRJAGUARJOB
Jaguar schickt den Job dann in die im Jobfile durch -HOST definierte Queue.
Wegen Lizenzeinschränkungen sollte man Jaguar-Jobs immer in die Queue jaguar, QSIte-Jobs in die Queue qsite und MacroModel-Jobs ind die Queue macromod abschicken, in der nur 1 Job zur gleichen Zeit laufen darf. Sonst kann passieren, dass Jobs wegen Lizenzmangel abgebrochen werden.
Desmond hat keine Lizenzeinschränkungen.
Einen QSite-Job kann man wie im Beispiel abschicken:
$SCHRODINGER/jaguar qsite $HOME/inputfile
Als Scratch-Verzeichnis wird /work definiert (Nach Aussage von Schrödinger sollte man für Scratch-Verzeichnisse keine NFS-Shares benutzen, weil dies die Performanz mindere). Falls Sie ein anderes Scratch-Verzeichnis benutzen wollen, können Sie die Datei schrodinger.hosts aus dem $SCHRODINGER-Verzeichnis in Ihr $HOME kopieren und den Eintrag /tmpdir entsprechend editieren.
Da Desmond keine Lizenzeinschränkungen hat, kann man dafür alles Queues benutzen. Definiert sind zur Zeit Queues desmond (16 CPUs), c8, c16, c32, c64 und c128. Wer eine andere Queue benutzen möchte, kann sie in der Datei schrodinger.hosts im eigenen HOME definieren.