TURBOMOLE
Das RRZ hat für das Institut für Anorganische und Angewandte Chemie eine Department Lizenz von TURBOMOLE erworben. Es sind derzeit die Versionen 6.5 und 6.6 installiert.
Mit der neuen Arbeitsumgebung genügt das Laden des entsprechenden Moduls, z.B.
module load turbomole/6.6-smp
Als Besonderheit gibt es bei Turbomole eine Reihe von Komponenten mit unterschiedlichen Parallelisierungen. Zur einfachen Auswahl haben wir diese Parallelisierungen in verschiedenen Modulen vorkonfiguriert, man muss nur noch PARNODES setzen (siehe Beispielskript weiter unten). Diese stehen derzeit zur Auswahl:
- turbomole/6.6-smp für Version 6.6 mit SMP-Parallelisierung auf einem Knoten (empfohlen)
- turbomole/6.6-mpi für Version 6.6 mit MPI-Parallelisierung auf einem oder mehreren Knoten
- turbomole/6.6-single für Version 6.6 ohne Parallelisierung
- turbomole/6.5-smp für Version 6.5 mit SMP-Parallelisierung auf einem Knoten
- turbomole/6.5-mpi für Version 6.5 mit MPI-Parallelisierung auf einem oder mehreren Knoten
- turbomole/6.5-single für Version 6.5 ohne Parallelisierung
Nach Laden des Moduls sind die entsprechenden Kommandos im Suchpfad der Shell und auch notewendige Variablen gesetzt, damit die gewählte Parallelisierung funktioniert. Ebenfalls ist der Installationspfad $TURBODIR gesetzt.
Unter $TURBODIR/DOC ist Dokumentation zu TURBOMOLE zu finden.
Es sind folgende Zusätze zu Tubromole installiert:
- calculate im Verzeichnis $TURBODIR/calculate_2.4_linux64.
- thermocalc im Verzeichnis $TURBODIR/thermocalc
Die Dokumentation dazu befindet sich im jeweiligen Installationsverzeichnis.
Ein kleines Beispiel-Jobskript für das Batchsystem ist dies:
#!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=8:mem16 #PBS -v RRZ_TMP_WORKDIR=1 # ... Einstellung von Laufzeit. Queue, Benachrichtungen, etc. # Modul-Umgebung laden. source /G/home/rrz/lib/modules.sh # Umgebungsvariablen vom RRZ, # beinhaltet $TMPDIR und $RRZ_TMP_WORKDIR. module load rrz/environment # Choose your weapon! # Turbomole 6.5 SMP, MPI und Einzelprozess #module load turbomole/6.5-smp #module load turbomole/6.5-mpi #module load turbomole/6.6-single # Turbomole 6.6 SMP, MPI und Einzelprozess module load turbomole/6.6-smp #module load turbomole/6.6-mpi #module load turbomole/6.6-single # Automatisches Setzen von PARNODES durch Zahl der reservierten CPUs. export PARNODES=$(cat "$PBS_NODEFILE" | wc -l) # Das kann eine lokale Kopie von PBS_O_WORKDIR sein! cd "$RRZ_WORKDIR" #Strukturoptimierung jobex -np 8 -ri -gcart 4 -c 290 > jobex.out # Ende.
Wichtig ist für TURBOMOLE die Nutzung des Job-Arbeitsverzeichnisses auf lokalem Speicher, da viel I/O in diesem stattfindet und der Job sich und andere stark beeinträchtigen kann, wenn dafür ein NFS-Laufwerk genutzt wird.
Für die alte Arbeitsumgebung gelten diese Angaben:
Der Installationspfad ist /G/home/software/TURBOMOLE6.5.
Folgende Variablen müssten in die .profile (.bashrc) aufgenommen werden:
export TURBODIR=/G/home/software/TURBOMOLE6.5 export PARA_ARCH=MPI export P4_RSHCOMMAND=/usr/bin/ssh export PATH=$TURBODIR/scripts:$PATH export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH