Arbeitsumgebung
Neue Arbeitsumgebung
Im Hinblick auf größere Flexibilität und das zukünftige HPC-System ist eine neue Arbeitsumgebung eingerichtet worden. Die neue Umgebung nutzt Modules. Um vollständig umzusteigen, kann man im Heimatverzeichnis folgende Datei anlegen:
touch $HOME/.use-new-rrz-env
Dadurch startet man bei Login mit einer Bourne-Shell mit einer minimalen Umgebung, d.h. es wird nur Software gefunden, die die Linux-Distribution bereitstellt. Falls man die Datei löscht, kann man in der bisherigen Umgebung weiterarbeiten. Die wichtigsten Module Kommandos sind (siehe auch man module):
module avail verfügbare Module anzeigen module list geladene Module anzeigen module (un)load modulefile Modul (ent)laden module help modulefile kurze Erläuterung eines Moduls
Beispiele:
module load gcc/4.8.2 GNU Compiler Collection 4.8.2 module load intel default Intel Compiler module load intel.mpi default Intel MPI module load g09 Gaussian 09 mit GaussView 5.0 module load rrz/tmpdir Scratch-Verzeichnis im Batch (siehe unten)
In Batch-Skripten müssen Moduleszunächst initialisiert werden:
source /G/home/rrz/lib/modules.sh # in bash-, ksh-Skripten source /G/home/rrz/lib/modules.csh # in csh-, tcsh-Skripten
Ein besonderes Modul ist pkgsrc (portable package build system)
module load pkgsrc
Damit stehen neuere Software-Tools zur Verfügung als in der Linux-Distribution (z.B. gmake4.0). Diese Software-Tools sind für das interaktive Arbeiten gedacht. Im Gegensatz zu den anderen Modulen, können die Versionen dieser Tools sich ohne Ankündigung ändern. In der Regel erhält man durch
module load Name/Version
immer dieselbe Software.
Geladene Module bei Login (nicht im PBS-Skript)
Die minimale Umgebung beim Login eines Nutzers beinhaltet folgende automatisch geladene Module:
- rrz/tmpdir