GROMACS
Einleitung
Ab sofort ist GROMACS in der Version 4.0.7 mit und ohne MPI-Unterstützung
(MPI-Binaries tragen das Suffix _mpi) verfügbar. Die serielle Variante dient nur
für kleinere Jobs zu Testzwecken. Um einen deutlichen Performanzzuwachs auf
unserer Architektur zu erzielen, haben wir die installierte Version für Intel
optimiert (Intel-Compiler + Intel MKL). Die verwendete MPI-Implementation ist: MVAPICH2 - Version 1.2p1.
Beispiel-Batchfile
#!/bin/bash #PBS -V #PBS -l nodes=2:ppn=8 ## walltime nicht vergessen np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) mnp=$(sort -u $PBS_NODEFILE | wc -l) source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/mkl/10.1.1.019/tools/environment/mklvars64.sh export MKL=/opt/intel/mkl/10.1.1.019/ export MVAPICH2_HOME=/opt/ofed/mpi/intel/mvapich2-1.2p1/ export MPD_BIN=$MVAPICH2_HOME/bin export PATH=$MVAPICH2_HOME/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$MPICH2_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH source /G/home/software/gromacs-4.0.7/intel+mvapich2-1.2p1/bin/GMXRC.bash mpdboot -n $mnp -f $PBS_NODEFILE MPIRUN=/opt/ofed/mpi/gcc/mvapich2-1.2p1/bin/mpirun_rsh WORKDIR=$HOME/GROMACS/RF_10ns/A_1ir3/ cd $WORKDIR ## prepare data grompp -f md.mdp -p protein.top -c protein-NPT.gro -o water.tpr ## run that piece mpiexec -np $np mdrun_mpi -s water.tpr -o water.ttr - -g water.log.gro -v mpdallexit
Submittieren sie das Batchfile mit: qsub -qc16 [BATCHFILE]
Benchmark-Resultate
.... liegen bereits vor, gibt es auf Anfrage. Die Informationen werden auf dieser Seite in Kürze ergänzt werden.Dokumentation und Beispiele
Die Dokumentation zu GROMACS enthält Links zu den Handbüchern der verschiedenen Programmversionen. Außerdem gibt es eine Seite mit Hinweisen zu Tutorials rund um GROMACS. Im Unterverzeichnis /G/home/software/gromacs-4.0.7/intel+mvapich2-1.2p1/share/gromacs/tutor sind eine Reihe von Beispielen enthalten, die Tests zu GROMACS befinden sich in gmxtest. Sowohl Beispiele als auch Tests sind unverändert in dem Zustand, wie sie vom GROMACS Projekt zum Download zur Verfügung gestellt werden.Quellen: