Q-Chem 3.2.0.1
Q-Chem wurde für eine Ausführung auf bis zu 16 nodes gekauft, allerdings nur als nodelocked.
Dafür wurde auf dem Delta-Cluster eine Queue "qchem" angelegt, zu der nodea44 bis nodea59 gehören. Die Queue hat zwar eine höhere Priorität als die üblichen, aber wenn die Knoten belegt sind, müsste man entweder warten oder auf den verbliebenen freien Knoten rechnen.
Um zu erfahren, welche der für Q-Chem lizenzierten Knoten frei sind, geben Sie folgendes ein:
pbsnodes -a | grep -B 3 -A 2 qchem
Es werden alle qchem-Knoten gezeigt, bei den freien wird Folgendes angezeigt:
state = free
Wenn ein Knoten nicht frei ist, ist der Status:
state = job-exclusive
und drei Zeilen tiefer wird der zur Zeit auf dem Knoten laufende Job angezeigt, z.B.: jobs = 0/9650.master, 1/9650.master
Der Pfad zur Q-Chem-Installation ist: /G/home/software/qchem
Beispiel-Job für Q-Chem für 1 Knoten:
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#PBS -l nodes=1:ppn=8:qchem
#PBS -j oe
#PBS -o qchem.job.out
#PBS -q qchem
export QC=/G/home/software/qchem
export QCAUX=$QC/aux
export ONEEXE=-DONEEXE
export QCSCRATCH=/G/scratch/$USER
cd ~/qchem
$QC/bin/qchem -pbs -np 4 QCHEM-Beispiel.in QCHEM-Beispiel.out
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In diesem Beispiel wird vorausgesetzt, dass Ihre Input-Dateien im Ihrem $HOME/qchem liegen und die Output-Dateien in dasselbe Verzeichnis geschrieben werden.
Diese Variablen können Sie natürlich auch in Ihre .profile aufnehmen, dann brauchen Sie sie nicht im Job-File.
Außerdem sollte man in die .bashrc Folgendes eintragen:
if [ -e $QC/bin/qchem.setup.sh ]; then
. $QC/bin/qchem.setup.sh
fi
Das Q-Chem-Handbuch im PDF-Format liegt unter $QCAUX/doc/